Trường Đại học Tübingen được thành lập năm 1477 bởi bá tước Eberhard V (Eberhard im Bart, 1445-1496), lúc dó là công tước đầu tiên của Württemberg, một nhà cải cách công dân và giáo sĩ, người thành lập trường sau khi trở thành hấp thụ trong sự hồi sinh thời kỳ Phục hưng của việc học trong chuyến đi của mình ở Italia. Hiệu trưởng đầu tiên của nó là Johannes Nauclerus.Tên hiện nay của trường được đặt vào năm 1769 bởi công tước Karl Eugen người gắn tên đầu tiên của ông với người sáng lập (Karls là hình thức sở hữu của Karl). Trường đại học sau này trở thành trường đại học chủ yếu của Vương quốc Württemberg. Ngày nay, nó là một trong chín trường đại học công được tài trợ bởi chính quyền bang Baden-Württemberg.